Крайне сочуствую Вам. Но попытаюсь объяснить в чем дело.
Есть EasyJtag а есть иные программаторы например RIFF,
После получения инфо о процессоре его необходимо софтово перезагрузить (HALT)
После перезагрузки - процессор дает время на доступ к JTAG в миллисекундах.